Появление термина «яковитская церковь» связано с именем эдесского епископа Иакова Барадея — фактического основателя Сиро-яковитской церкви. Он фактически воссоздал церковную иерархию несториан, поскольку та была практически уничтожена римскими властями. Епископу Иакову Барадею (умер в 578 году) приписывают рукоположение большей части миафизитской иерархии, когда он столкнулся с жестокими преследованиями в VI веке. Он был рукоположен монофизитскими епископами, низложенными Юстинианом, в епископы всех монофизитов Сирии и Месопотамии, после чего 30 лет ходил по монофизитским регионам и рукополагал там пресвитеров и епископов, установляя тем самым монофизитскую иерархию. Это было сделано в противовес кафологической Антиохийской церкви, что привело к тому, что Сирийская православная церковь стала известна в народе как «якобитская» церковь, в то время как классические православные верующие были известны в народе как «мелькиты», что происходит от сирийского слова, обозначающего царя, «малка» (позже это наименование было присвоено себе греко-католиками).
Из-за многих исторических потрясений и связанных с ними трудностей, которые пришлось пережить Сирийской православной церкви, руководство церковью было вынуждено эмигрировать в Месопотамию. К концу VI века яковитский митрополит жил в монастыре Map Маттаи в Месопотамии. В 629 году на собрании, состоявшемся в Map Маттаи, с одобрения антиохийского патриарха Афанасия Погонщика верблюдов был поставлен «великий митрополит», или «католикос», юрисдикция которого включала более 12 диоцезов Востока. Первым великим митрополитом был Маруфа Тагритский (629—649). Глава сирийских христиан в Месопотамии носил титул «мафриан», который был принят в 629 году, дабы отличать миафизитских иерархов от несторианских. Иоанн III из Седре был избран и рукоположен в патриархи после смерти Афанасия I Гаммоло в 631 году нашей эры, за которой последовало падение римской Сирии и мусульманское завоевание Леванта. Иоанн и несколько епископов были вызваны к Умайру ибн Саду аль-Ансари, эмиру арабской провинции Химс, чтобы принять участие в открытой дискуссии о христианстве и представлять всю христианскую общину, включая несирийские православные общины, такие как сирийские православные греки. Эмир потребовал перевода Евангелия на арабский язык, чтобы подтвердить убеждения Иоанна, что, согласно Хронике Михаила Сирийца, было первым переводом Евангелий на арабский язык.
«Житие Иакова Барадея», написанное в VIII веке, свидетельствует об определённой конфессиональной и социальной дифференциации между диофизитами и миафизитами (сирийскими православными). Более подробная агиография показывает, что сирийские православные христиане (называемые в этой работе «сирийскими якобитами»: suryoye yaquboye) отождествляли себя с историей Иакова больше, чем с историей других святых. Египетский историк и епископ-миафизит Северус ибн аль-Мукаффа (ок. 897 года) говорит о якобитском происхождении и почитании Иакова Барадея. Он утверждал, что в отличие от классических православных христиан (которых называли мелькитами), якобиты-миафизиты никогда не поступались своими убеждениями, чтобы завоевать расположение римских императоров, как это сделали мелькиты.
В X веке, после возвращения Ромейской империей Каппадокии, Киликии и Сирии, император поощрял заселение сирийцами эти пограничные земли, и период экономического и интеллектуального расцвета сирийских православных общин продолжался с 950 по 1020 год. Сирийский патриарх Иоанн Саригта и два его преемника жили в монастыре Бэрид недалеко от Мелитены, одном из многих вновь основанных монастырей того времени, а сирийские православные христиане получили доступ к работе в государственном аппарате империи. Богатство и влияние сирийских православных общин затем вызвали конфликты с официальной православной церковью, которая начала преследовать яковитскую церковь, вынудив патриарха Дионисия IV перенести резиденцию в мусульманскую Амиду.
До начала крестовых походов в XI веке сирийцы занимали большую часть холмистой местности Джазира (Верхняя Месопотамия). В Антиохии, после гонений XI-го века со стороны ромеев, сирийская церковь была почти полностью уничтожена. Ситуация изменилась в XII веке, когда были созданы государства крестоносцев. Учёные в целом сходятся во мнении, что отношения между сирийскими православными и католиками в Утремере были хорошими. Сирийское население в княжестве Антиохия росло, в том числе из-за притока беженцев, что также проявилось в строительстве ещё двух церквей. За это время Антиохию посетили несколько сирийских православных патриархов, некоторые даже основали там временные резиденции, и сирийские клирики в Антиохии были даже готовы перейти под власть Рима. Тем не менее, они оставались официально независимыми, хотя также вели переговоры с ромеями и латинянами о церковной унии.
В 1293 году патриаршая резиденция была перенесена из монастыря Мор Бар Саума, где патриархи проживали с 1166 года, в монастырь Мор Хананье в юго-восточной Анатолии близ Мардина, где он оставался до 1933 года, когда переехал в Хомс в Сирии.
В период расцвета в XII веке границы патриархата Сирийской церкви достигли Средней Азии и охватили 20 митрополий и более 100 епархий. С 1293 года каждый патриарх Сирийской православной церкви носит имя Игнатий, в честь святого Игнатия Антиохийского, как преемника его кафедры.
В 1393—1404 годах церковь подверглась жестокому преследованию со стороны Тамерлана, в связи с чем численность сирийских христиан резко упала, так что в XVI веке патриархат включал всего 20 епархий.
Из-за многих исторических потрясений и связанных с ними трудностей, которые пришлось пережить Сирийской православной церкви, руководство церковью было вынуждено эмигрировать в Месопотамию. К концу VI века яковитский митрополит жил в монастыре Map Маттаи в Месопотамии. В 629 году на собрании, состоявшемся в Map Маттаи, с одобрения антиохийского патриарха Афанасия Погонщика верблюдов был поставлен «великий митрополит», или «католикос», юрисдикция которого включала более 12 диоцезов Востока. Первым великим митрополитом был Маруфа Тагритский (629—649). Глава сирийских христиан в Месопотамии носил титул «мафриан», который был принят в 629 году, дабы отличать миафизитских иерархов от несторианских. Иоанн III из Седре был избран и рукоположен в патриархи после смерти Афанасия I Гаммоло в 631 году нашей эры, за которой последовало падение римской Сирии и мусульманское завоевание Леванта. Иоанн и несколько епископов были вызваны к Умайру ибн Саду аль-Ансари, эмиру арабской провинции Химс, чтобы принять участие в открытой дискуссии о христианстве и представлять всю христианскую общину, включая несирийские православные общины, такие как сирийские православные греки. Эмир потребовал перевода Евангелия на арабский язык, чтобы подтвердить убеждения Иоанна, что, согласно Хронике Михаила Сирийца, было первым переводом Евангелий на арабский язык.
«Житие Иакова Барадея», написанное в VIII веке, свидетельствует об определённой конфессиональной и социальной дифференциации между диофизитами и миафизитами (сирийскими православными). Более подробная агиография показывает, что сирийские православные христиане (называемые в этой работе «сирийскими якобитами»: suryoye yaquboye) отождествляли себя с историей Иакова больше, чем с историей других святых. Египетский историк и епископ-миафизит Северус ибн аль-Мукаффа (ок. 897 года) говорит о якобитском происхождении и почитании Иакова Барадея. Он утверждал, что в отличие от классических православных христиан (которых называли мелькитами), якобиты-миафизиты никогда не поступались своими убеждениями, чтобы завоевать расположение римских императоров, как это сделали мелькиты.
В X веке, после возвращения Ромейской империей Каппадокии, Киликии и Сирии, император поощрял заселение сирийцами эти пограничные земли, и период экономического и интеллектуального расцвета сирийских православных общин продолжался с 950 по 1020 год. Сирийский патриарх Иоанн Саригта и два его преемника жили в монастыре Бэрид недалеко от Мелитены, одном из многих вновь основанных монастырей того времени, а сирийские православные христиане получили доступ к работе в государственном аппарате империи. Богатство и влияние сирийских православных общин затем вызвали конфликты с официальной православной церковью, которая начала преследовать яковитскую церковь, вынудив патриарха Дионисия IV перенести резиденцию в мусульманскую Амиду.
До начала крестовых походов в XI веке сирийцы занимали большую часть холмистой местности Джазира (Верхняя Месопотамия). В Антиохии, после гонений XI-го века со стороны ромеев, сирийская церковь была почти полностью уничтожена. Ситуация изменилась в XII веке, когда были созданы государства крестоносцев. Учёные в целом сходятся во мнении, что отношения между сирийскими православными и католиками в Утремере были хорошими. Сирийское население в княжестве Антиохия росло, в том числе из-за притока беженцев, что также проявилось в строительстве ещё двух церквей. За это время Антиохию посетили несколько сирийских православных патриархов, некоторые даже основали там временные резиденции, и сирийские клирики в Антиохии были даже готовы перейти под власть Рима. Тем не менее, они оставались официально независимыми, хотя также вели переговоры с ромеями и латинянами о церковной унии.
В 1293 году патриаршая резиденция была перенесена из монастыря Мор Бар Саума, где патриархи проживали с 1166 года, в монастырь Мор Хананье в юго-восточной Анатолии близ Мардина, где он оставался до 1933 года, когда переехал в Хомс в Сирии.
В период расцвета в XII веке границы патриархата Сирийской церкви достигли Средней Азии и охватили 20 митрополий и более 100 епархий. С 1293 года каждый патриарх Сирийской православной церкви носит имя Игнатий, в честь святого Игнатия Антиохийского, как преемника его кафедры.
В 1393—1404 годах церковь подверглась жестокому преследованию со стороны Тамерлана, в связи с чем численность сирийских христиан резко упала, так что в XVI веке патриархат включал всего 20 епархий.